Parte de la fauna del arrecife de coral tienen su actividad durante el periodo nocturno, en particular los invertebrados. Mientras que durante el día la abundante flora de algas realizara su función fotosintética absorbiendo la luz solar y transformándola en alimento de los cardúmenes de peces que se alimentan de las algas, del plancton o detritus.

En estos arrecifes, algunas especies de coral son más abundantes que otras por lo que contribuyen en mayor o menor grado a la estructura del arrecife.

Las especies más comunes son el Cacho de Venado, Cuerno de Alce y el Coral Cerebro; así mismo podemos encontrar también gorgonias, algas, esponjas, gasterópodos, gudibranquios y cefalópodos como el pulpo, anémonas de Mar, Crustaceos del Coral, Cangrejo Hermitaño, erizo de espinas largas, pepino de mar, tunicado campana azul, entre otros.